「住宅の品質確保の促進等に関する法律」により業者による、１０年間の瑕疵担保責任（修補請求権等）が義務づけられます。

住宅性能表示制度は、任意で、第三者が住宅の性能を評価します。

車の保険で例えると

１０年間の瑕疵担保責任は自賠責保険

住宅性能表示制度は任意保険　

自賠責保険だけで車やバイクに乗る人は、あまりいないのではないでしょうか。
任意保険なので、もちろんかけなくてもいいのですが、「もしも」のために。自賠責だけだと、実際に事故を起こしたときに、お金、時間（事故対応）などがものすごくかかってしまう。と言う理由だと思います。

住宅性能表示制度も、同じで「安心」が大きくなります。

例えば、何十年か経過して中古住宅として売りに出すとき。
住宅性能保証制度だけの住宅と住宅性能表示制度を取得している住宅、どちらを選びますか？

実際に家が建った後のトラブル。
もしも、欠陥住宅だったり、請負契約や売買契約に関するトラブルがあった場合。
住宅性能表示制度を取得している住宅だと、１万円で指定住宅紛争処理機関（全国の単位弁護士会）による裁判外の紛争解決手続を利用して解決を図ることができます。
自分で行うとなると、相談先を探すことから始まり、建築士や弁護士の専門家を探して・・・と、時間もお金もかかってしまいます。

トラブルがないことが一番ですが、もしもの時のための保険と考えれば、高い申請料では無いはずです。